Bioinformatički resursi u nastavi biologije
|
Студијски програм : Мастер професор биологије
|
|
Назив предмета: БИОИНФОРМАТИЧКИ РЕСУРСИ У НАСТАВИ БИОЛОГИЈЕ
|
|
Наставник: доц. др Едвард Петри
|
|
Статус предмета: изборни
|
|
Број ЕСПБ: 5
|
|
Услов: -
|
|
Циљ предмета
Биоинформатика подразумева коришћење напредних рачунарских технологија за анализу, визуализацију и разумевање биолошких информација; повезујући области биологије од проучавања протеина и нуклеинских киселина до генетике, еволуције ћелијске биологије, ботанике и зоологије. Циљ овог предмета је да упозна студенте са рачунарским ресурсима у биоинформатици и омогући дизајн интерактивних лекција и симулација лабораторијских вежби.
|
|
Исход предмета
Кроз предавања а нарочито кроз рачунарске вежбе, студенти ће се упознати са основама биоинформатике са фокусом на одговарајући софтвер, алатке и лако доступне образовне ресурсе који ће им олакшати али и обогатити рад са ученицима. Студенти ће моћи да самостално креирају интерактивне лекције, симулације лабораторијских вежби и мултимедијалне презентације биолошких појава.
|
|
Садржај предмета
Теоријска настава
Увод у биоинформатику. Улога биоинформатике у модерним биолошким истраживањима. Примена биоинформатике у биотехнологији и медицини. Опис и организација online биоинформатичких ресурса и база података: NCBI, EBI, SBI and PDB. Примена образовних ресурса, електронских издања научне литературе, часописа и уџбеника за припрему лекција. Упознавање са алаткама и софтвером који се користе у биоинформатици, укључујући и програме за визуализацију биолошких макромолекула (ДНК, РНК, протеина..). Визуализација генетичких информација. Принципи основних биоинформатичких техника које се користе у генетици, еволуционој и ћелијској биологији, ботаници и зоологији. Основе поравнавања ДНК и протеинских секвенци и коришћење online генетичких података. Поређење биоинформатичких метода анализе са класичним методама анализе података.
Практична настава
Фокус предмета биће на рачунарским вежбама из основа биоинформатике и коришћењу бесплатних и лако доступних online ресурса и софтвера. Студенти ће дизајнирати и тестирати интерактивне планове лекција и компјутерске симулације лабораторијских вежби. Студенти ће се упознати са биоинформатичким софтвером који се користи за визуализацију генетских информација, као и молекула РНК, ДНК и протеина. Такође, обрађиваће се упутства и водичи за примену биоинформатике на практичне проблеме који се срећу у свакодневном животу као што су различита генетска тестирања, наследне болести, пољопривреда и биотехнологија.
|
|
Литература
1. Материјал постављен на Moodle сајту за електронско учење предмета
https://moodle.pmf.uns.ac.rs/
2. Niketic, V., Principi struкture i aktivnosti proteina. HemijskiFakultet, Beograd, 1995
3. Vinay Sharma, Textbook of Bioinformatics, Rastogi Publications, 2008
4. Jenny Gu, Philip E. Bourne, Structural Bioinformatics, 2nd edition, Wiley-Blackwell, 2011
5. Arthur Lesk, Introduction to Bioinformatics, 4th edition, Oxford University Press, 2014
|
|
Број часова активне наставе
|
Теоријска настава: 2
|
Практична настава: 2
|
|
Методе извођења наставе
Теоријска предавања и рачунарске вежбе.
|
|
Оцена знања (максимални број поена 100)
|
|
Предиспитне обавезе
|
Поена
|
Завршни испит
|
Поена
|
|
семинарски рад
|
35
|
писмени испит
|
30
|
|
активност на предавањима и кратки тестови
|
35
|
|
|
| |
|
|
|
|
|
|
english