Molekularna mikrobiologija

Студијски програм: Дипломирани биолог

Назив предмета: Молекуларна микробиологија

Наставник или наставници: Едвард Петри

Статус предмета: обавезни

Број ЕПСБ: 7

Услов: нема

Циљ предмета: Циљ предмета је упознавање студената са најновијим техникама молекуларне микробиологије и биоинформатичким методама анализе и интерпретације добијених података са акцентом на молекуларну микробиологију животних средина.

Исход предмета: Стицање темљног знања о основним савременим техникама молекуларне микробиологије као и упознавање са основним on-line и off-line биоинформатичким алаткама за аналилзу секвенци и филогенетску анализу.

Садржај предмета: Теоријска настава: Геномика прокариота, компаративна геномика прокариота, секвенцирање нуклеинских киселина (Next generation sequencing - NGS), анализа 16S рибозомалних секвенци из различитих животних средина. Биоинформатика: анализа секвенци, коришћење јавних база података (NCBI, GenBank, Green Genes, KEGG, итд.), упознавање са основним биоинформатичким алатима, израда филогенетских стабала програмом Seaview. Упознавање са програмом QIIME™ (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) за 16S rRNA анализу микробиома.

Студијски истраживачки рад: Студентима ће бити омогућено да изврше биоинформатичку анализу теоријског сета 16S секвенци укључујући филогенетску анализу присутних бактеријских врста кориштењем програма QIIME и базе података Green Genes.

.

Препоручена литература:

Madigan, Michael T., John M. Martinko, Kelly S. Bender, Daniel H. Buckley, and David Allan Stahl. Brock Biology of Microorganisms. Fourteenth edition. Boston: Pearson, 2015.

Frans J. de Bruin (2011): Handbook of Molecular Microbial Ecology I: Metagenomics and Complementary Approaches, Wiley-Blackwell

Frans J. de Bruin (2011): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats, Wiley-Blackwell

Knežević-Vukčević, J., Vuković-Gačić B., Simić D.: Osnovi genetike prokariota. Biološki fakultet Beograd, 2009.

Gordana Matić, Dusanka Savić Pavićević: Molekularna biologija 1. NNK international, 2011.

Број часова  активне наставе

 

Предавања: 2

Вежбе: 2

Други облици наставе: 0

Студијски истраживачки рад:0

Остали часови-

 

Методе извођења наставе

Предавања уз коришћење компјутерских презентација на видео пројектору, самостални рад студената и демонстрација појединих микробиолошких метода.

 

Оцена  знања

 

Предиспитне обавезе

поена

 

Завршни испит

поена

 

активност у току предавања

5

писмени испит

20

 

практична настава

20

усмени испит

20

 

колоквијум-и

35

..........

 

 

семинарски рад