Bioinformatički alati u mikrobiologiji

Студијски програм : Дипломирани биолог

Назив предмета: Биоинформатички алати у микробиологији

Шифра предмета:

Наставник: Едвард Петри

Статус предмета: изборни

Број ЕСПБ: 5

Услов: -

Циљ предмета: Циљ предмета је упознавање студената са основним биоинформатичким методама анализе секвенци у областима геномике прокариота, компаративне геномике прокариота, метагеномике, кориштење јавних база података, анализа 16S рибозомалних секвенци из различитих животних средина и филогенетска анализа.

Исход предмета: Стицање основног знања o савременим техникама биоинформатичке анализе у молекуларној микробиологији кориштењем постојећих биоинформатичкх алатки као и расположивих програма за филогенетску анализу.

Садржај предмета: Теоријска настава: Геномика прокариота, компаративна геномика прокариота, метагеномика животне средине, секвенцирање нуклеинских киселина (Next generation sequencing - NGS), анализа 16S рибозомалних секвенци из различитих животних средина.

Биоинформатика: анализа секвенци, коришћење јавних база података (GenBank, Green Genes), упознавање са основним биоинформатичким алатима, израда  филогенетских стабала, упознавање са програмом QIIME™ (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) за 16S rRNA анализу микробиома.

Студијски истраживачки рад: Студентима ће бити омогућено извршавање биоинформатичку анализу теоријског сета 16S секвенци укључујући филогенетску анализу присутних бактеријских врста кориштењем програма QIIME и јавне базе података Green Genes.

Препоручена литература:

Madigan, Michael T., John M. Martinko, Kelly S. Bender, Daniel H. Buckley, and David Allan Stahl. Brock Biology of Microorganisms. Fourteenth edition. Boston: Pearson, 2015.

Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics. Fourth Edition. 2013.

Knežević-Vukčević, J., Vuković-Gačić B., Simić D.: Osnovi genetike prokariota. Biološki fakultet Beograd, 2009.

Abibbo, A., Grant, R.P. and Helmer-Citterich, M. The Internet for Cell and Molecular Biologists (2nd Edition). 2004, Horizon Scientific Press, 452 str., ISBN: 0-9545232-0-2.

Baxevanis, A.D. Francis Ouellette, B.F. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3rd Edition. 2004, Wiley-Interscience, 560 str.,ISBN: 0471478784

Andrade, M.A. Bioinformatics and Genomes: Current Perspectives. 2003, Horizon Scientific Press, 225 str., ISBN: 1-898486-47-6.

Rangel, P.  and Giovannetti, J. Genomes and Databases on the Internet: A Practical Guide to Functions and Applications. 2001, Horizon Scientific Press, 223 str., ISBN: 1-898486-31-X

Број часова  активне наставе

Предавања: 2

Вежбе: 2

Други облици наставе: 0

Студијски истраживачки рад:0

Остали часови-

Методе извођења наставе

Предавања уз коришћење компјутерских презентација на видео пројектору, самостални рад студената и демонстрација појединих биоинформатичких анализа на персоналном рачунару.

Оцена  знања

Предиспитне обавезе

поена

Завршни испит

поена

активност у току предавања

5

писмени испит

20

практична настава

40

усмени испит

20

колоквијум-и

15

..........

семинарски рад