Metode u strukturnoj biologiji
|
Студијски програм: Димпломирани биолог
|
|
Назив предмета: Методе у структурној биологији
|
|
Наставник: Едвард Петри
|
|
Статус предмета: изборни
|
|
Број ЕСПБ: 6
|
|
Услов: -
|
|
Циљ предмета
Структурна биологија омогућава разумевање механизма рада молекуларних компоненти у биолошким процесима. Циљ предмета методе у структурној биологији је да студентима приближи методе које се користе за одређивање и предвиђање структуре главних биомолекула и интеракција међу њима као и да појасни везу између структуре и функције.
|
|
Исход предмета
Након успешно реализованих предиспитних и испитних обавеза студент ће моћи да: разуме структурне основе биолошких процеса, везу између гена и структуре биомолекула као и структурне основе генетске конзервације. Разликује технике и методе које се користе у структурној биологији у решавању одређених биолошких проблема. Користи алатке и online сервере за молекуларно моделовање протеина.Креира и анализира слике макромолекуларних структура високе резолуције за публикације. Критички чита научну литературу са структурним информацијама. Разуме структурне основе биоинформатике. Користи протеомске базе података са интернета (PDB,SWISS PROT, NCBI, BLAST, EBI.... ) неопходне за сва истраживања у модерној биологији.
|
|
Садржај предмета
Теоријска настава
Методе за одређивање протеинске структуре, динамике и интеракција. Хетерологна експресија и пречишћавање протеина.Кристализација протеина. Решавање кристалне структуре. Параметри квалитета кристалних структура. Нуклеарна магнетна резонанца (NMR) и електронска микроскопија (cryoEM) и циркуларни дихроизам (CD). Лимитирана протеолиза. Веза између структуре и функције протеина, нуклеинских киселина и других макромолекула. Веза између гена и структуре биомолекула, структурне основе генетске конзервације. Протеомика, структурна биоинформатика, молекуларно моделовање протеина.
Практична настава
Практична настава биће организована у виду рачунарских вежби, усаглашених са теоријским програмом курса што ће омогућити студентима да савладају коришћење протеомских и биоинформатичких интернет ресурса и програма за тродимензионалну макромолекуларну визуелизацију и анализу.
|
|
Литература
Презентације предавања и остали материјал биће доступан у електронској форми
В. Никетић, Принципи структуре и активност протеина, Хемијски факултет у Београду (1995)
Branden, C. & Tooze, J. Introduction to Protein Structure, 2nd Ed., Garland, New York (1999)
Bourne P., Structural Bioinformatics, Wiley-Liss (2003)
Релевантни научни и стручни радови из области
|
|
Број часова активне наставе
|
Теоријска настава: 2
|
Практична настава: 2+0+0
|
|
Методе извођења наставе
Предавања, рачунарске вежбе, семинарски рад и консултације.
|
|
Оцена знања (максимални број поена 100)
|
|
Предиспитне обавезе
|
поена
|
Завршни испит
|
поена
|
|
практична настава
|
20
|
писмени испит
|
30
|
|
колоквијуми
|
20
|
усмени испт
|
10
|
|
семинар
|
20
|
|
|
| |
|
|
|
|
|
english