Kvantitativna morfologija

 

Студијски програм: Дипломирани биолог

Назив предмета: Квантитативна морфологија

Наставник: Десанка Костић

Статус предмета: Изборни

Број ЕСПБ: 6

Услов: Математика са статистиком, Еволуциона биологија

Циљ предмета

1) да студентима приближи основне и савремене морфометријске технике којима се апстрахује и пореди морфолошка варијабилност; 2) да студенте обучи како да примењују квантитативне технике анализирајући публиковане и генерисане податке у R програмском језику.

Исход предмета

Студенти ће стећи вештине да примењују основне и напредне морфометријске методе употребом R програмског језика, да тумаче и пореде резултате анализа које имају широку примену у дисциплинама као што су систематика, функционална морфологија, биологија развића и еволуциона биологија.

Садржај предмета

Теоријска настава

     Морфологија и морфометрија; Историјски развој аналитичких метода за квантификацију морфолошке (фенотипске) варијабилности; Биолошке и статистичке хипотезе; Компоненте и структура морфолошке варијабилности; Концепт морфолошког простора; Разлике између униваријантне и мултиваријантне морфометрије, предност мултиваријнтног приступа; Мултиваријантни подаци; Објекти и варијабле у морфолошком простору: увод у анализу главних компоненти (PCA); Случајна и неслучајна дистрибуција морфометријских података, увод у пермутације и бутстрап; Поређење група: аналитичке технике; Поређење група: аналитичке и графичке технике; Коварирање величине и облика морфолошких структура; Коварирање фенотипских података са срединским и географским варијаблама; Фенотипска варијабилност и перформансе од адаптивног значаја; Морфолошка интеграција и модуларност; Филогенетски сигнал у морфометријским подацима; Брзина и мод морфолошких промена.

Практична настава

     Структура R програмског језика; Објекти, функције и оператори у R-у; Вектори, матрице, листе, петље и фактори у R-у; Манипулација интерним и екстерним подацима; Визуализација у R-у; Униваријантна и мултиваријантна морфометрија у R-у; Типови мултиваријантних података и њихова стуктура и трансформација; R и PCA; Q и R мод; Редукција мултиваријантних података; Пермутације и ботстрап у R-у; Увод у линеарне моделе и величина ефекта; Међу-групна PCA; дискриминантна и канонијска анализа; кластер анализе; анализа фенотипских трајекторија; PCA и алометрија; мултиваријантна регресија; уклањање ефекта алометрије; поређење алометријских трајекторија; Анализа парцијалних најмањих квадрата (PLS); хијерархијска кластер анализа; Поређење коваријационих матрица; морфолошка интеграција и PLS; коефицијенти модуларности; Аналитчке технике испитивања филогенетског сигнала; независни контрасти; Модели морфолошке еволуције.

Литература

     Claude J. 2008. Morphometrics with R. Springer, New York. ISBN 978-387777894

     Zieffler A.S., Harring  J.R., Long J.D. 2011. Comparing Groups: Randomization and Bootstrap Methods Using R. Wiley, London. ISBN  978-0470621691

     Zelditch M.L., Swiderski D.L., Sheets D.H. 2012. Geometric Morphometrics for Biologists: A Primer (2nd ed.). Academic Press, New York. ISBN 978-0-12-386903-6

     Ivanović A., Kalezić M. 2013. Evoluciona morfologija: teorijske postavke i geometrijska morfometrija. Biološki fakultet, Beograd. ISBN 978-86-7078-100-9

     Paradis E. 2012. Analysis of Phylogenetics and Evolution with R. Springer, New York. ISBN 978-1-4614-1743-9

Број часова  активне наставе

Теоријска настава: 2

Практична настава: 2+0+0

Методе извођења наставе

Теоријска настава – предавања; Практична настава – анализа публикованих и генерисаних података на рачунару

Оцена  знања (максимални број поена 100)

Предиспитне обавезе

поена

Завршни испит

поена

активност у току предавања

 

писмени испит

40

практична настава

20

усмени испт

 

колоквијум-и

20

Презентација пројекта

20

семинар-и