Genomika
|
Студијски програм: Мастер биолог
|
|
Назив предмета: Геномика
|
|
Наставник: Невена Величковић
|
|
Статус предмета: изборни
|
|
Број ЕСПБ: 7
|
|
Услов: Предходно стечени ЕСПБ: најмање 5 ЕСПБ из предмета уже научне области Генетика
|
|
Циљ предмета
Кроз упознавање са резултатима пројеката секвенционирања различитих генома, прегледом техника мапирања и секвенционирања генома и анализе транскриптома, студенти стичу фундаментална знања о новим генетичким феноменима и технологијама које синтезом биолошких знања пружају нове погледе на процесе преноса, организације и функције генетичких информација.
|
|
Исход предмета
Након успешно реализованих предиспитних и испитних обавеза студент може да:
- јасно уочава нивое организације различитих генома и може да прави компаративна поређења сложености њихове структуре
- идентификује различите типове маркера и методолошке приступе стварања генетичких и физичких хромозомских мапа
- објасни основне елементе у процесу стварања мастер секвенце генома и може да са разумевањем користи основне појмове биоинформатике
- сагледа значај достигнућа структурне, функционалне и компаративне геномике у савременој науци
- са разумевањем користи појмове геномике и стручну литературу и своје закључке јасно износи у писаној и форми усмене презентације
|
|
Садржај предмета
Теоријска настава
Геномика- интегративна наука о геномима. Мапирање генома. Цитогенетичке мапе, генетичке мапе, физичке мапе – методе, типови маркера, популације за мапирање. SNP технологија. Класификација и дистрибуција SNP. Идентификација и валидација маркера. Технике генотипизације. Геномски пројекти. Преглед секвенционираних биљних и животињских генома. Упознавање са интернет изворима. Значај геномских пројеката у модерној биологији. Секвенционирање генома. Технике секвенционирања. Типови маркера и методе констукције мастер секвенце. Компаративна генетика и геномика. Хомологија, ортологија, паралогија, синтенија и микросинтенија. Функционална геномика. Стратегије у проучавању функције гена: методе мутагенезе, инсерцона мутагенеза, RNAi, knock-in, регионална мутагенеза.
Практична настава
Генетичке мапе, физичке мапе. Детекција SNP. Биоинформатичке on-line платформе. Асоцијација фенотип- SNP. GBS приступ – дизајн пројекта, обрада података, примена. Whole Genome Sequencing приступ – дизајн пројекта, обрада података, примена. RAD-seq приступ – дизајн пројекта, обрада података, примена.
|
|
Литература
Gibson G., Spencer M.V. A Primer of Genome Science. Sinauer Associates, Inc. Publ. USA, 2004.
Mike S., Elaswarapu R. Genomics: Essential Methods, John Wiley & Sons, Ltd. UK, 2011.
Deonier R.C., Tavaré S., Waterman M.S. Computational Genome Analysis: An Introduction, Springer, 2005.
Primose S.B., Twyman R.M. Principles of Genome Analysis and Genomics. Blackwell Publ. UK, 2003.
Barnes M.R., Gray I.C. Bioinformatics for geneticists. John Willey & Sons Ltd. UK, 2003.
|
|
Број часова активне наставе
|
Теоријска настава: 2
|
Практична настава: 2+0+4
|
|
Методе извођења наставе
Предавања, Рачунарске вежбе, Групни рад – семинар, Консултације
|
|
Оцена знања
|
|
Предиспитне обавезе
|
поена
|
Завршни испит
|
поена
|
|
активност у току предавања
|
-
|
писмени испит
|
-
|
|
практична настава
|
10
|
усмени испт
|
50
|
|
колоквијум-и
|
-
|
|
|
|
семинар-и
|
40
|
|
|
| |
|
|
|
|
|
|
english