|
Садржај предмета
Теоријска настава
Током лекција, најновије научне публикације које се фокусирају на биомолекулске интеракције биће детаљно обрађене и продискутоване. Преглед структуре и функције макромолекула и релевантних метода молекуларног клонирања. Скрининг, валидација i квантификација протеин-протеин, протеин-ДНК, протеин-РНК и протеин-лиганд интеракација. Методе, инструментација и примена биће упознате кроз специфичне примере из литературе: Афинитетна хроматографија, Масена спектроскопија (SILAC, qAP-MS), Двохибридни есеј у квасцу, Протеин-протеин интеракције у сисарским системима (interaction trap/MAPPIT), Luminescence-based mammalian interactome (LUMIER), Рhage display (матурација антитела, фосфо-пептидно мапирање), Протеин-фрагмент комплеметација (PCA, BiFC), Сross-linking, Микроереји,методе протеомике (2D-PAGE/MS), Ко-имунопреципитација, Ко-имунолокализација, Биофизичке методе (resonance energy transfer, спектроскопија и анисотропија), Молекуларне пробе (ratiometric calcium, pH,оксидативно стање), DNA/RNA footprint, hydroxy-radical footprint, EMSA и ChIP, SELEX.
Практична настава
Критичко читање научне литературе. Журнал клуб. Рачунарске вежбе. Клонирање у циљу рекомбинантне експресије (пречишћавање плазмидне ДНК, припрема компетентних E.coli ћелија и квасаца, трансформација E.coli и квасаца рекомбинантном ДНК, селективни маркер, ауксотрофни сојеви квасаца, Рекомбинантна експресија протеина у E.coli (ензими), квасцу (GFP) - методе хемијске и аутo-индукције. Екстракција протеина, ензиматска лиза, соникација, валидација. Пречишћавање рекомбинантнихе протеина афинитетном хроматографијом (глутатион агароза, афинитет ка металима), Анализа, Флуоресцентна микроскопија (YFP,GFP у квасцима). Есеји за функцију (ензимски есеји, функционални есеји, спектроскопија), In silico методе за скрининг и анализу протеинских инеракција (биоинформатика, молекуларни докинг), Флуоресцентне и спектроскопске методе за испитивање везивање лиганда.
|
english