Metode u strukturnoj biologiji
|
Studijski program : Diplomirani biolog
|
|
Vrsta i nivo studija:Osnovne akademske studije
|
|
Naziv predmeta: Metode u strukturnoj biologiji
|
|
Šifra predmeta: OB048
|
|
Nastavnik: dr Gordana Grubor Lajšić
Predavač dr Edvard Petri
|
|
Status predmeta: izborni
|
|
Broj ESPB:5
|
|
Uslov: -
|
|
Cilj predmeta
Strukturna biologija omogućava razumevanje mehanizma rada molekularnih komponenti u biološkim procesima. Cilj predmeta Metode u strukturnoj biologiji je da studentima približi metode koje se koriste za određivanje strukture glavnih biomolekula i interakcija među njima kao i da pojasni vezu između strukture i funkcije.
|
|
Ishod predmeta
Nakon uspešno realizovanih predispitnih i ispitnih obaveza student može da:
-
Razume strukturne osnove bioloških procesa, vezu između gena i strukture biomolekula kao i strukturne osnove genetske konzervacije
-
Razlikuje tehnike i metode koje se koriste u strukturnoj biologiji i oceni njihovu upotrebljivost pod određenim uslovima i u rešavanju određenih bioloških problema
-
Koristi alatke i online servere za molekularno modelovanje
-
Kreira i analizira slike makromolekularnih struktura visoke rezolucije za publikacije
-
Kritički čita naučnu literaturu sa strukturnim informacijama
-
Razume strukturne osnove bioinformatike
-
Koristi proteomske baze podataka sa interneta (PDB,SWISSPROT, NCBI, BLAST, EBI.... ) neophodne za sva istraživanja u modernoj biologiji
|
|
Sadržaj predmeta
Teorijska nastava
Metode za određivanje proteinske strukture, dinamike i interakcija. Heterologna ekspresija i prečišćavanje proteina. Kristalizacija proteina. Rešavanje kristalne strukture. Parametri kvaliteta kristalnih struktura. Nuklearna magnetna rezonanca (NMR). Elektronska mikroskopija (cryoEM). Izotermalna kalorimetrijska titracija (ITC). Fluorescentna spektroskopija (FRET/BRET). Cirkularni dihroizam (CD). Limitirana proteoliza. Savijanje proteina, procesuiranje i degradacija. Protein-protein interakcije. Biologija membranskih proteina. Veza između strukture i funkcije proteina, nukleinskih kiselina i drugih makromolekula. Veza između gena i strukture biomolekula, strukturne osnove genetske konzervacije. Proteomika, strukturna bioinformatika, molekularno modelovanje.
Praktična nastava
Praktična nastava biće organizovana u vidu računarskih vežbi,usaglašenih sa teorijskimprogramomkursa što će omogućiti studentima da savladajukorišćenjeproteomskih i bioinformatičkih internet resursa i programa za trodimenzionalnu makromolekularnu vizuelizaciju i analizu.
|
|
Literatura
-
Niketic, V., Principistructureiaktivnosti. HemijskiFakultet, Beograd, 1995.
-
Serdyuk, I., Zaccai, N., Zaccai, J., Methods in molecular biophysics: structure, dynamics, function, 2010
-
Branden, C. & Tooze, J. Introduction to Protein Structure, 2nd Edition, Garland Publishing, New York.
-
Lucky, M. MembraneStructuralBiology, Cambridge, 2010
|
|
Broj časova aktivne nastave
|
|
|
|
Predavanja: 2
|
Vežbe: 2
|
Drugi oblici nastave:
|
Studijski istraživački rad:
|
Ostali časovi
|
|
Metode izvođenja nastave
Teorijska nastava se izvodi u vidu predavanja, a praktična je organizovana u vidu vežbi na računaru.
|
|
Ocena znanja
|
|
Predispitne obaveze
|
poena
|
Završni ispit
|
poena
|
|
aktivnost u toku predavanja
|
|
test
|
20
|
|
praktična nastava – prisustvo
|
|
usmeni ispt
|
20
|
|
praktična nastava – laboratorijski izveštaj
|
20
|
|
|
|
kolokvijumi
|
2x10
|
|
|
|
seminar
|
20
|
|
|
|
|
english